Để triển khai vận hành một hệ thống phần mềm một cửa đòi hỏi một đội ngũ chuyên gia giàu kinh nghiệm. Ngoài các chuyên gia về phần mềm thì cần phải có đội ngũ chuyên gia về công tác quản lý (Chuyên gia ISO về lĩnh vực hành chính công). Bước đầu tiên các chuyên gia ISO phải thực hiện công tác chuẩn hóa các quy trình nghiệp vụ tại các đơn vị hành chính sự nghiệp. Sau khi các quy trình được định nghĩa phân công rõ ràng về công việc, rõ ràng người thực hiện và rõ ràng về thời gian thực hiện. Lúc đó các bước công việc mới được khai báo và định nghĩa trên phần mềm. Do đó giải pháp phần mềm phải vô cùng linh động, cho phép khai báo động các quy trình nghiệp vụ, và đặc biệt hơn so với các giải pháp khác đó là phần mềm Một cửa phải cho phép khai báo động các form biểu mẫu, bởi mỗi thủ tục ở mỗi cơ quan đều có tính đặc thù riêng.
Phần mềm một cửa điện tử được thiết kế gắn liền với các nghiệp vụ chuyên môn trong công tác giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính theo cơ chế một cửa. Được tích luỹ các tính năng hiện đại và tiện ích theo từng vai trò của cán bộ trong từng giai đoạn giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính tại các cơ quan quản lý Nhà nước. Hỗ trợ việc tiếp nhận, thụ lý và giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính tại các cơ quan quản lý nhà nước theo cơ chế một cửa. Các tính năng và chức năng của phần mềm một cửa điện tử đã đáp ứng được các yêu cầu về tính năng và chức năng đối với phần mềm một cửa điện tử do Bộ thông tin và Truyền thông ban hành tại văn bản số 1725/BTTTT-ƯDCNTT ngày 04/6/2010.
Các phân hệ và chức năng của phần mềm Phân hệ “Tiếp nhận hồ sơ thủ tục hành chính”: - Tiếp nhận hồ sơ - In giấy biên nhận - Chuyển hồ sơ cho phòng chuyên môn - In danh sách hồ sơ đã tiếp nhận, hồ sơ đã giải quyết Phân hệ “Thụ lý hồ sơ thủ tục hành chính”: hỗ trợ các công việc liên quan đến việc thụ lý hồ sơ thủ tục hành chính của cơ quan như: - Phân công thụ lý hồ sơ thủ tục hành chính - Cập nhật thông tin về tình hình thụ lý hồ sơ - Cập nhật tiến độ thụ lý hồ sơ - Cập nhật văn bản tài liệu trong quá trình giải quyết hồ sơ - Trình duyệt hồ sơ Phân hệ “Phê duyệt kết quả giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính” - Xem xét tiến độ và kết quả thụ lý hồ sơ - Duyệt hồ sơ thủ tục hành chính Phân hệ “Trả kết quả” - Thu lệ phí giải quyết thủ tục hành chính - Trả kết quả giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính Phân hệ “Cung cấp, khai thác thông tin về việc giải quyết thủ tục hành chính” - Quy trình giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính - Lệ phí giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính - Thời gian giải quyết thủ tục hành chính - Địa điểm giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính - Cán bộ, phòng ban giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính Phân hệ “Giao tiếp với công dân” - Tra cứu quy trình giải quyết hồ sơ - Tra cứu các biểu mẫu liên quan trong quá trình giải quyết hồ sơ - Tra cứu trạng thái hồ sơ thủ tục hành chính - Đăng ký hồ sơ, gửi hồ sơ thủ tục hành chính qua mạng Internet Phân hệ “Luân chuyển hồ sơ thủ tục hành chính” - Luân chuyển hồ sơ với cán bộ Chi Cục thuế (Tính thuế) - Luân chuyển hồ sơ với cán bộ Kho bạc Nhà nước (Thu thuế) Phân hệ “Quản trị hệ thống” - Quản tri danh mục dùng chung - Quản trị người dùng Đến nay phần mềm một cửa điện tử đã được nâng cấp lên phiên bản số 4 với nhiều tiện ích hiện đại, thuận tiện cho người sử dụng trong quá trình giải quyết hồ sơ thủ tục hành chính theo cơ chế một cửa.